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J.J. empezó a alcanzar la fama al crear la serie Alias (2001) protagonizada por Jennifer Garner. Con la creación de Alias, fundó su propia productora, Bad Robot, y a través de ella da salida a muchos proyectos, sea él el guionista o no.

Alias es la serie que dio fama a Abrams y le abrió la puerta de par en par de crítica y público aunque su anterior serie, Felicity, ya le granjeó parte de su fama. Lost fue uno de los grandes proyectos para la temporada 2004-2005 para la cadena ABC. Creada por J.J. Abrams y por Damon Lindelof, ha resultado ser un éxito de público y de crítica.
Como director se estrenó con Misión Imposible III, la película más cara realizada por primera vez por un director.

Con su esposa Katie tiene tres hijos: Henry, Gracie y Agosto.